Az Interreg V-A Szlovénia-Magyarország Együttműködési Program Monitoring Bizottsága a 2014-2020 közötti időszakban a két Tagállam, Szlovénia és Magyarország, képviselőiből áll. A Monitoring Bizottság összetétele a Tagállamokat képviselő programpartnerek közös megegyezésén alapul.

A Monitoring Bizottság irányítja a programot, felügyeli a programvégrehajtás minőségét és hatékonyságát illetve dönt a támogatandó projektek jóváhagyásáról vagy elutasításáról.

Az MB ülések a két Tagállamban felváltva kerülnek majd megtartásra. Az MB évente legalább egy alkalommal ülésezik, felülvizsgálja a Program megvalósítását és a célok elérése érdekében tett lépéseket. Részletesen megvizsgálja az összes kérdést, amelyek érintik a Program teljesítményét és dönt a Program Irányító Hatóság által, vagy Bizottság saját előterjesztésében javasolt bármely módosításáról.