A127. cikkének megfelelően az AH biztosítja, hogy a program irányítási és ellenőrzési rendszerének megfelelő működésére vonatkozóan a benyújtott kiadásokon alapuló megfelelő minta alapján ellenőrzések kerüljenek végrehajtásra, ezen felül ellenőrzési véleményt és jelentést készít a program megfelelőségéről.

Az AH Együttműködési Programban leírt munkáját a programban résztvevő tagállamok képviselőiből felállított Ellenőri Csoport segíti. Az Audit Szervezeti feladatokat – magyarországi ellenőrzések lefolytatása – Magyarország területén az EUTAF látja el. Az Ellenőri Csoport tagjainak a MB tagjaitól, az ETE Rendelet 23. (4) cikke szerinti hitelesítést végző szervezetektől és minden, a programban érintett tevékenységtől és pénzügyektől függetlennek kell lennie. Az Ellenőri Csoport az együttműködési program EB általi elfogadásától számított 3 hónapon belül felállításra kerül. Az Ellenőri Csoport megállapítja saját ügyrendjét. Az Ellenőri Csoport üléseit az AH vezeti.

Az AH és az Ellenőri Csoport az Audit Stratégia kialakítása során közösen döntenek arról, hogy a rendszerellenőrzést és a mintavételes ellenőrzést mely hatóság végzi el.

Az AH eljárása során mind a magyar, mind a szlovén szervezeti, jogi és pénzügyi előírások betartására köteles.