A program kijelölt Irányító Hatósága a Szlovén Köztársaság Fejlesztési és Európai Kohéziós Politikáért Felelős Kormányhivatala. Az Irányító Hatóság felelős az Együttműködési Program irányításáért az eredményes pénzgazdálkodás alapelvével összhangban. Az IH munkáját közvetlenül támogatja a KT, tekintettel arra, hogy az utóbbi látja el a teljes program operatív végrehajtásának feladatát. Habár az IH viseli a végső felelősséget a program végrehajtásáért, bizonyos horizontális feladatok (a KT munkavállalók foglalkoztatása, a program informatikai és monitoring rendszerének felállítása, jogi szolgáltatások) a Szlovén Köztársaság Fejlesztési és Európai Kohéziós Politikáért Felelős Kormányhivatalának különálló egységeire kerülnek delegálásra.

Az IH többek között a következőkért felelős:

• előkészíti az Irányítási és Ellenőrzési rendszer leírását;
• vezeti az MB üléseket;
• megköti az ERFA szerződéseket;
• észrevételezi az ellenőrzések javaslatait, melyek a program irányítására és végrehajtására vonatkoznak;
• részt vesz a panaszkezelési eljárásban;
• elősegíti az információcserét programszinten a NHk, IgH, AH és EB között;
• benyújtja a kifizetési kérelmeket az IgH felé;
• elkészíti az irányítási nyilatkozatot;

előkészíti a programdokumentum változtatásait.