A költséghitelesítési feladat ellátása érdekében a VR 74. cikkének és az ETE rendelet 23. (3) cikkének megfelelően a két tagállam nemzeti szinten kijelölte az első szintű hitelesítésért felelős szervezetet. A hatáskörükbe eső területre az NHk jelölik ki az első szintű hitelesítésért felelős szervezetet a kijelölési eljárás során (lást 26. tábla). Az első szintű hitelesítők felelősek a VR 125. (4) cikk szerinti hitelesítési tevékenység ellátásáért. Tekintettel arra, hogy nemzeti szinten nem várható változás a végrehajtási rendszerrel kapcsolatos megállapodásokban, a jelenleg működő, az ETE programok hitelesítését más EU-s forrásoktól külön kezelő rendszer működik tovább.

Az IH köteles meggyőződni arról, hogy minden, a programban részt vevő kedvezményezett költségei a kijelölt hitelesítők által hitelesítésre kerültek. Mindkét tagállam felelős a területén végzett hitelesítésekért. Mindkét ország felelős hitelesítő szervezete megvizsgálja a partner által benyújtott számlákat, könyvelési dokumentumokat, vagy ezzel egyenértékű dokumentumokat és igazolja, hogy az áruk és szolgáltatások teljesítése társfinanszírozott, a kiadások hatékonysága deklarált és hogy a költségek és a kapcsolódó projektrészek megfelelnek a releváns EU és nemzeti szabályokkal. A hitelesítés dokumentum alapon és helyszíni ellenőrzéseken keresztül történik. Az első szintű hitelesítésre kijelölt szervezet mindkét országban hitelesítési nyilatkozatot  állít ki a programban alkalmazott standard formanyomtatványnak megfelelően.