Az Interreg V-A Szlovénia-Magyarország Együttműködési Program egy olyan együttműködési folyamat folytatása, amely a 90-es években indult háromoldalú és kétoldalú kompozíciókban (Ausztria-Szlovénia-Magyarország, Szlovénia-Magyarország-Horvátország és Szlovénia-Magyarország Határon Átnyúló Együttműködési Programok). Ezen nagy hagyománnyal bíró határon átnyúló együttműködési programok eredményeként értékes tapasztalatokra tettek szert nem csak a Programot irányító szervezetek, hanem a résztvevő országok érdekelt felei is, amelyre a jelenlegi Program épít.

A stratégia kidolgozása során a Task Force – az Együttműködési Program kidolgozásáért felelős közös testület – figyelembe vette az EU által meghatározott politikai kereteket, a nemzeti és regionális fejlesztési stratégiákat, a programterület sajátosságait, a korábbi programperiódusok tapasztalatait és az érdekeltek számára e célból szervezett rendezvények során összegyűjtött véleményét.