Sistem eMS mora upoštevati spodnje zahteve:
- celovitost in zaupnost podatkov;
- avtentikacija pošiljatelja v smislu Direktive 1999/93/EC;
- hramba skladno s pravili o zadržanju podatkov, kot je določeno v 140. členu Uredbe o skupnih določbah;
- varen prenos podatkov;
- dostopnost med običajnim delovnim časom in zunaj njega (razen za aktivnosti tehničnega vzdrževanja);
- dostopnost držav članic in upravičencev, ki je neposredna ali pa je omogočena prek vmesnika za samodejno sinhronizacijo in zapisovanje podatkov znotraj nacionalnih, regionalnih in lokalnih sistemov računalniškega upravljanja;
- varstvo osebnih podatkov posameznikov in poslovna tajnost pravnih oseb glede na obdelane podatke (na podlagi Direktive 2002/58/EC o obdelavi osebnih podatkov in varstvu zasebnosti na področju elektronskih komunikacij in Direktive 95/46/EC o varstvu posameznikov pri obdelavi osebnih podatkov in o prostem pretoku takih podatkov).