Pristojni Organ upravljanja programa je Služba Vlade Republike Slovenije za razvoj in evropsko kohezijsko politiko. Organ upravljanja je odgovoren za vodenje programa sodelovanja skladno z načelom dobrega finančnega gospodarjenja. Organ upravljanja neposredno podpira Skupni sekretariat, ki izvaja operativno vodenje celotnega programa.

Čeprav Organ upravljanja nosi celotno odgovornost programa, pa bodo določene horizontalne naloge (zaposlovanje članov SS, vzpostavitev in delovanje informacijskega in nadzornega sistem programa, pravne zadeve) prenesene na posamezne enote Službe Vlade Republike Slovenije za razvoj in evropsko kohezijsko politiko.

Glavne odgovornosti organa upravljanja vključujejo:

• pripravi opis sistema spremljanja in nadzora;
• vodi sestanke Odbora za spremljanje;
• podpisuje pogodbe ESRR;
• odziva se na priporočila revizije, ki so pomembna za vodenje in izvajanje programa;
• sodeluje v pritožbenih postopkih;
• omogoča izmenjavo podatkov na ravni programa med sodelujočimi Nacionalnimi organi, Organom za potrjevanje, Revizijskim organom in Evropsko komisijo;
• posreduje zahtevke za povračilo stroškov Organu za potrjevanje;
• sestavi izjavo o upravljanju;
• pripravi spremembe Programa sodelovanja.